El Jardín Botánico de Padua fue fundado en 1545, y es por tanto el más antiguo del mundo. Fue instituido por el Senado de la República de Venecia para el cultivo de "los simples", las plantas medicinales que provenían directamente de la naturaleza. Debido a esto fue denominado Hortus Simplicium.

En aquellos tiempos eran muchos los errores en la determinación de las verdaderas plantas medicinales, cometiéndose algunos graves para la salud. De ahi la importancia de su estudio científico. El primer responsable del Jardín, Luigi Squalerno encargó numerosas plantaciones, y en esa época se levantó alrededor un muro de protección del recinto.

Por aquellos tiempos, el Jardín fue enriqueciéndose con plantas provenientes de muchas partes del mundo, especialmente de aquellos países con los que la República de Venecia tenía intercambios comerciales.

Posteriormente se construye la biblioteca, el herbario y varios laboratorios.

A finales del siglo XVI se construyeron algunas fuentes y en 1704 se realizaron las 4 cancelas y la puerta principal. Posteriormente se refinó el muro con piedras blancas y se colocaron estatuas y bustos de importantes personajes. Las dos fuentes, fuera de las puertas del sur y del este, se embellecieron con estatuas representando a Teofrasto y Salomón, con las cuatro estaciones respectivamente. El invernadero y el teatro botánico datan de la primera mitad del siglo XIX.

La tradición dice que el Jardín fue planificado por el noble veneciano Daniele Barbaro, y encargado al arquitecto Andrea Moroni. Su peculiaridad arquitectónica está basada en la perfección del círculo que encierra un cuadrado que se divide, a su vez, en cuatro cuadrantes por medio de dos calles orientadas según los puntos cardinales. En cada uno de los cuadrantes las plantas se cultivan en camas de diversas formas, formando parterres geométricos.

Fuera del jardín circular se encuentra el arboreto, que se comenzó por Giovanni Marsili en el siglo XVIII, completándose por Roberto de Visani ya en el siglo XIX, quien plantó grandes coníferas tales como cedros y pinos y las dos hermosas magnolias que hay detrás de la puerta principal.

En el jardín podemos contemplar algunas colecciones, tales como la de plantas carnívoras (Dionea, Sarracenia, Drosera, Nepenthes), de plantas medicinales y venenosas, plantas del noreste de Italia, plantas acuáticas, etc. También hay algunos ambientes recreados, como la maquia mediterránea, el jardín alpino, plantas suculentas, etc.

Hoy en día, el Jardín Botánico de Padua realiza una amplia actividad didáctica y divulgativa, interesándose en la conservación de especies raras o amenazadas.

El jardín tiene una superificie de 2,19 hectáreas, estando a una altitud de 12 m sobre el nivel del mar. La pluviosidad de la zona es de 850 mm anuales. Se estiman en unas 6.000 las especies cultivadas a lo largo del año.